Происходит между двумя определенными (не обязательно гомологичными) последовательностями, например, наблюдается при интеграции и исключении фага или при разрешении коинтегратных структур в процессе транспозиции.
ТАТА-последовательностъ (блок Хогнесса) - А-Т-богатая семичленная последовательность, находящаяся на расстоянии около 25 пар нуклеотидов перед стартовой точкой каждой транскрипционной единицы, транскрибируемой РНК-полимеразой II; вероятно, необходима для такого расположения фермента, при котором он может осуществлять правильную инициацию.