Происходит между двумя определенными (не обязательно гомологичными) последовательностями, например, наблюдается при интеграции и исключении фага или при разрешении коинтегратных структур в процессе транспозиции.
Эписома - Плазмида, способная существовать в бактериальной клетке как автономно, так и в составе хромосомы. Классические примеры эписом – R-плазмида и F-фактор.