Биохимические утилиты


Калькулятор хи-квадрат + критерий Фишера + отношение рисков

Калькулятор Хи-квадрат, критерия Фишера, относительного риска. Калькулятор одновременно рассчитывает chi-square, Fisher criteria и odds ratio для матрицы 2х2.
Критерий Фишера рассчитывается двусторонний.

Калькулятор количества нуклеотидов

Расчет количества нуклеотидов для одноцепочечной ДНК. Сильно облегчает жизнь тем, кто часто ставит ПЦР.

Калькулятор ξ2

Калькулятор для расчета хи-квадрат. Можно сказать, что это основной статистический расчет в биологической статистике.

DNA InSilicoGel - Виртуальный электрофорез (in silico)

Разработка авторов "Кировской Молекулярной Биологии". Зная длину планируемых рестрицированных фрагментов можно "погонять" форез виртуально, не расходуя время, деньги и реактивы. И нервы целее будут - если какие-то полосы сливаются, то это будет видно сразу.

Важно! Актуальная версия скрипта имеет некоторые ограничения:
  • Результат верен только для ДНК
  • Расчет ведется без учета плотности носителя
  • Расчет ведется в относительных единицах (Rf)


Операции с нуклеотидными последовательностями

Преобразование последовательности ДНК. Комплементарная цепь, реверс, разбивка по блокам для печати.

Дизайн праймеров

Вспомогательная утилита подбора пар праймеров для реакции ПЦР.

Fasta SEQ 2 Treecon SEQ

Вспомогательная утилита для преобразования файла формата *.seq Fasta в формат для программы Treecon.

Рестрикционный анализ ДНК

Вспомогательная утилита для поиска сайтов рестрикции в нуклеотидной последовательности.

Денситометр

Оцифровка дорожек электофореза. Строится график для выделенной области и возвращается таблица с данными для сохранения в csv и дальнейшей обработки.

Процент гомологии

Подсчет процента гомологии после множественного выравнивания.

Температура плавления праймеров

Подсчет температуры плавления как по классической схеме, так и с учетом термодинамики и концентрации солей и магния.

Поиск шпилек и димеров в праймере



Hierarchy Tree Builder

Программа для построения деревьев иерархического кластерного анализа матриц данных.