Активный сайт - Участок белка, непосредственно обеспечивающий контакты с другими макромолекулами; например, активный сайт гистонов – место присоединения к молекуле ДНК, активный сайт фермента – место присоединения к субстрату и т.д.
D-петля - Область внутри митохондриальной ДНК, в которой небольшой участок РНК-праймера взаимодействует с одной из цепей ДНК, вытесняя исходную комплементарную цепь. Этот же термин используется при описании события, катализируемого RecA-белком, которое заключается в замене одной цепи в дуплексной ДНК другой одноцепочечной ДНК, захваченной извне.