Chromas
Программа просмотра хроматограмм для простых проектов секвенирования ДНК, которые не требуют сборки нескольких последовательностей.
Chromas имеет следующие особенности:
- Открывает файлы хроматограммы .ab1 из секвенаторов ДНК Applied Biosystems.
- Открывает файлы хроматограмм в формате SCF и ZTR, созданные другими секвенаторами или извлеченные из баз данных.
- Сохраняет в формате *.scf или Applied Biosystems *.ab1.
- Печатает хроматограмму с увеличением масштаба и подгонки размера под размер страницы.
- Автоматическое удаление некачественной последовательности (при наличии данных о качестве) или векторных последовательностей.
- Экспортирует данные последовательности в формате обычного текста, FASTA, FASTQ, EMBL, GenBank или GCG или в формате с базовой нумерацией для представления.
- Копирует последовательность в буфер обмена в виде простого текста, в формате FASTA или FASTQ для вставки в другие приложения. Показывает обратную и комплементарную последовательность хроматограммы.
- Поиск подпоследовательностей путем точного соответствия или оптимального выравнивания.
- Показывает трансляцию последовательности в трех рамках считывания вместе с последовательностью.
- Позволяет скопировать изображение части хроматограммы для вставки в документы или презентации.
- Пакетная обработка, включая преобразование формата, экспорт последовательности с векторным удалением, пакетная печать и пакетный экспорт необработанных данных.
- Позволяет отредактировать файлы .ab1, используя компонент PeakTrace RP от Nucleics Pty Ltd, чтобы улучшить читаемость пиков и извлечь больше высококачественных оснований, за счет оптимизации базовой линии.
Программа бесплатна, работает в Windows, Linux (под Wine).