Программа просмотра хроматограмм для простых проектов секвенирования ДНК, которые не требуют сборки нескольких последовательностей.
Chromas имеет следующие особенности:
Открывает файлы хроматограммы .ab1 из секвенаторов ДНК Applied Biosystems.
Открывает файлы хроматограмм в формате SCF и ZTR, созданные другими секвенаторами или извлеченные из баз данных.
Сохраняет в формате *.scf или Applied Biosystems *.ab1.
Печатает хроматограмму с увеличением масштаба и подгонки размера под размер страницы.
Автоматическое удаление некачественной последовательности (при наличии данных о качестве) или векторных последовательностей.
Экспортирует данные последовательности в формате обычного текста, FASTA, FASTQ, EMBL, GenBank или GCG или в формате с базовой нумерацией для представления.
Копирует последовательность в буфер обмена в виде простого текста, в формате FASTA или FASTQ для вставки в другие приложения.
Показывает обратную и комплементарную последовательность хроматограммы.
Поиск подпоследовательностей путем точного соответствия или оптимального выравнивания.
Показывает трансляцию последовательности в трех рамках считывания вместе с последовательностью.
Позволяет скопировать изображение части хроматограммы для вставки в документы или презентации.
Пакетная обработка, включая преобразование формата, экспорт последовательности с векторным удалением, пакетная печать и пакетный экспорт необработанных данных.
Позволяет отредактировать файлы .ab1, используя компонент PeakTrace RP от Nucleics Pty Ltd, чтобы улучшить читаемость пиков и извлечь больше высококачественных оснований, за счет оптимизации базовой линии.
Программа бесплатна, работает в Windows, Linux (под Wine).
Молекулярная эволюция - Раздел эволюционного учения, имеющий предметом эволюционные преобразования макромолекулярных структур клеток и организмов – белков и нуклеиновых кислот. Среди методов анализа молекулярной эволюции – электрофорез, молекулярная гибридизация, секвенирование полимерных последовательностей и др. методы молекулярной биологии.
Случайная выборка - Выборка, организуемая таким образом, что каждая особь популяции или каждый ген в геноме обладает равной с другими вероятностью попасть в нее.
Адаптивность - приспосабливаемость организма к изменяющимся условиям внешней среды, один из критериев здоровья. Выражается в стойкости к невзгодам, выносливости, высокой работоспособности, устойчивости к болезням, способности выживания в сложных экстремальных ситуациях.