Редактор для ручного выравнивания нуклеотидных последовательностей

BLAST и ClustalW - это, конечно, хорошо. Это очень хорошо. Но, как правило, все равно приходится проверять и доравнивать вручную.


В OS Windows проблем нет. Там есть WordPad - старый такой текстовый редактор, который несет на борту необходимые фишки: форматирование шрифта (полужирный, курсив, подчеркнутый, цвет) и перенос строк, который можно отключить. Открываем *.rtf, включаем бесконечные строки и моноширинный шрифт, натаскиваем интересующие нас последовательности ДНК, и ровняем, ровняем, ровняем...

В OS Linux, к глубокому сожалению, полного аналога Вордпада не оказалось. AbiWord - облом-с... На первый взгляд - не проблема. Есть wine, соответственно, нет проблемы. Однако проблема нашлась: wordpad под wine категорически не желает делать текст полужирным. Точнее делает, но не отрисовывает. Что-то там с рендером шрифтов, несовместимостью библиотек, и др., и пр. Неважно, вобщем - с пол-пинка не завелось, танцы с бубном не помогли. Поиски в репозиториях и гугление аналогичного софта не увенчались успехом (может не там искал... если кто знает - ссылочкой поделитесь, pls...).
А время идет.... А сиквенсы лежат невыровненные... Следовательно, будем изобретать велосипед напишем свой редактор.

Задача
получить нативный редактор текста, понимающий формат rtf, поддерживающий форматирование шрифта, и возможность переключиться в режим безразмерных строк. В строке может быть и 1000 нуклеотидных буковок, и 10000.

Желательно
поиск фрагмента по тексту, подсвечивание найденных фрагментов. Поиск и замена.

Пишем
Язык разработки, само собой - С++, IDE - QT Creator. Пара вечеров, и редактор готов. Делает все, что от него требовалось, работает под никсами, как и ожидалось. Плюс бонусные плюшки - показывает позицию каретки, длину фрагмента, GC-состав и температуру плавления выделенного участка ДНК...

Итог
Зачастую изобретение велосипедов экономически оправдано. На первый взгляд - глупо, а если подумать...Запасы АТФ не казенные, чтобы их тратить впустую.



Фотоальбом





Комментарии

Дмитрий
А где можно скачать вашу программу?
admin
Сообщите на мыло, под какой дистрибутив вам ее скомпилировать. Или могу исходники отослать, сами соберете - если есть желание.
capcha
* - поля, обязательные для заполнения